1、標本根據感染部位不同采取不同標本，如痰液、膿液、血液、腦脊液等。
2、直接涂片鏡檢對痰、膿或腦脊液沉淀物標本，可涂片進行革蘭染色鏡檢，若發現典型的成雙排列、有莢膜的革蘭陽性球菌，結合臨床癥狀可做初步診斷。
3、分離培養與鑒定將痰或膿液直接接種于血瓊脂平板上，37孵育24h后，挑選溶血的可疑菌落做進一步鑒定。血液及腦脊液先在血清肉湯培養基中增菌后，接種到血瓊脂平板上分離培養并鑒定。
4、肺炎鏈球菌的鑒定主要應與甲型溶血性鏈球菌鑒別。其中以膽汁溶菌試驗、菊糖發酵和奧普托辛試驗最為常用。必要時可做小鼠毒力試驗。在上述試驗中，肺炎鏈球菌均為陽性，而 甲型溶血性鏈球菌為陰性。
5、肺炎鏈球菌型別鑒定
（1）莢膜腫脹試驗：亦稱為Quellug試驗。新鮮標本懸液與等量不稀釋的肺炎球菌分型診斷血清混合后，覆以蓋玻片，油鏡下觀察。標本中肺炎球菌若與同型免疫血清相遇，莢膜將顯著增大。
（2）凝集試驗：將可疑肺炎球菌與已知標準分型血清做玻片凝集試驗，若細菌凝集成堆，為同型肺炎球菌。
二、肺炎鏈球菌的防治原則
多價肺炎鏈球菌莢膜多糖疫苗對預防肺炎鏈球菌感染有較好效果。 目前，這種多價疫苗 已包括肺炎鏈球菌的23個型。對肺炎鏈球菌感染的治療，因人群肺炎鏈球菌感染的菌型在不斷變遷 。且耐藥菌株日益增多，因此需加強肺炎鏈球菌的菌型監測，在治療前做常規藥物敏感試驗，根據藥敏試驗，選用敏感的抗生素（如青霉素、林可霉素、四環素等）。
